Οι πρώτοι χρόνοι της Τουρκοκρατίας, 1390 - 1538, υπήρξαν η εποχή της γέννησης και άνθησης της οθωμανικής δύναμης. Οι μέσοι χρόνοι της Τουρκοκρατίας, 1538 - 1699, είναι περίοδος τριβής της Αυτοκρατορίας.
Δύο γεγονότα αποτελούν ορόσημα, σταθμούς στην ιστορία της πειρατείας στους μέσους χρόνους της Τουρκοκρατίας και αλλάζουν την πορεία και τους τρόπους δράσης: Η ναυμαχία της Ναυπάκτου το 1571 και η απαρχή του βενετοτουρκικού πολέμου για την κατάληψη της Κρήτης από τους τούρκους το 1645.
Στα τριάντα χρόνια, μετά την επικράτηση το 1538 του Χαϊρεδδίν Βαρβαρόσσα και της οθωμανικής κυριαρχίας στο Αιγαίο πέλαγος, οι τούρκοι πειρατές και ειδικότερα οι πειρατές της Μπαρμπαριάς έγιναν πολύ ισχυροί και με τις επιδρομές τους ρήμαξαν ιδιαίτερα τα ανατολικά και δυτικά παράλια της Ιταλικής Χερσονήσου και της Σικελίας, όπου οι κάτοικοι δεν προλάβαιναν να πάρουν ανάσα.
Οι αλλεπάλληλες ήττες του ισπανικού στόλου στη Djerba, στη σημερινή Τυνησία και στην κεντρική Μεσόγειο, επέτρεψαν στον οθωμανικό στόλο και στην ιδιοφυΐα του Dragut, που έδρασε άλλοτε σαν ανεξάρτητος πειρατής και άλλοτε σαν τούρκος κουρσάρος στην υπηρεσία της Πύλης, να επικρατήσουν απόλυτα στη Βόρεια Αφρική και να εδραιώσουν τις θέσεις τους στην Τρίπολη, την Τύνιδα, τη Μπιζέρτα, το Αλγέρι και τις άλλες θέσεις των μαυριτανών.
Όμως ούτε η Πύλη, ούτε οι έμπειροι πειρατές της Μπαρμπαριάς, τόλμησαν να χτυπήσουν στην έδρα του, στη Μάλτα, τον αδυσώπητο εχθρό τους, το Τάγμα των Ιπποτών του Αγίου Ιωάννη, το 1530, όταν πρωτοεγκαταστάθηκε εκεί ή αργότερα σ' όλο το διάστημα της παντοδυναμίας τους. [...]