Η πλακέτα Mega 2560 μπορεί να προγραμματιστεί με το λογισμικό Arduino (IDE).
Το ATmega2560 στο Mega 2560 διατίθεται εκ των προτέρων προγραμματισμένο με ένα bootloader που σας επιτρέπει να ανεβάσετε νέο κώδικα σε αυτό χωρίς τη χρήση εξωτερικού προγραμματιστή υλικού. Επικοινωνεί χρησιμοποιώντας το αρχικό πρωτόκολλο STK500.
Μπορείτε επίσης να παρακάμψετε τον bootloader και να προγραμματίσετε τον μικροελεγκτή μέσω ICSP header (In-Circuit Serial Programming) χρησιμοποιώντας Arduino ISP ή παρόμοιο.