Σε αυτό το παιχνίδι, ο Solid Snake εγκαταλείπει τα σχέδια συνταξιοδότησής του και την απομόνωσή του στην Αλάσκα, προκειμένου να αναλάβει μια αποστολή σχετικά με το πτώμα του Big Boss. Η ιστορία ακολουθεί την αποστολή διείσδυσης που αργότερα θα γινόταν γνωστή ως "το περιστατικό Shadow Moses". Όχι μόνο αποκαλύπτεται το μυστικό πίσω από τη γέννηση του Solid Snake, αλλά κάνει την εμφάνισή του και ο αδελφός του: Liquid Snake, ο οποίος γεννήθηκε από το ίδιο γενετικό υλικό. Η ιστορία σχετικά με τη γενετική και τα παράνομα πυρηνικά όπλα χαρακτηρίστηκε από τα μέσα ενημέρωσης ως το απόλυτο σενάριο βιντεοπαιχνιδιών του 20ου αιώνα, ενώ το παιχνίδι απέσπασε επαίνους για τη χρήση των τρισδιάστατων γραφικών του Sony PlayStation για να προσφέρει μια καθηλωτική εμπειρία διείσδυσης. Το παιχνίδι περιείχε πολλές νέες ιδέες, χρησιμοποιώντας τη λειτουργία δόνησης του χειριστηρίου, καθώς και διάφορα μυστικά κρυμμένα στη συσκευασία του παιχνιδιού. Αυτός ο τίτλος ήταν το τρίτο παιχνίδι που κυκλοφόρησε στην επίσημη ιστορία της σειράς Metal Gear.

Αυτό το παιχνίδι απεικονίζει δύο διαφορετικά γεγονότα: Το νέο μέλος του FOXHOUND, ο Raiden, αναλαμβάνει να αντιμετωπίσει μια ομάδα τρομοκρατών που έχουν καταλάβει μια υπεράκτια εγκατάσταση στο συμβάν Big Shell. Αυτό το παιχνίδι, που κυκλοφόρησε στο PlayStation 2, εισήγαγε τους παίκτες στον χαρακτήρα του Raiden, ο οποίος κληρονόμησε πολλές τεχνικές και ιδέες από τον Solid Snake. Εκτός από τη δυνατότητα στόχευσης από πρώτο πρόσωπο, οι παίκτες είχαν επίσης πρόσβαση σε μια ποικιλία νέων ενεργειών, όπως το κράτημα των εχθρών αλλά και η διάθεση των σωμάτων τους. Χαρακτηρίστηκε ως "το καλύτερο σύστημα gameplay του 21ου αιώνα". Μια απόλυτη έκδοση του παιχνιδιού με την ονομασία Substance κυκλοφόρησε αργότερα. Αυτός ο τίτλος ήταν το τέταρτο παιχνίδι που κυκλοφόρησε στην επίσημη ιστορία της σειράς Metal Gear.

Η ιστορία αφηγείται την αρχή του επικού έπους. Καλύπτει τα γεγονότα τόσο της Virtuous Mission όσο και της Operation Snake Eater, περιγράφοντας λεπτομερώς πώς ο άνθρωπος με την κωδική ονομασία Naked Snake κέρδισε τον τίτλο του Big Boss. Ενώ τα προηγούμενα παιχνίδια της σειράς Metal Gear λάμβαναν χώρα σε πιο αστικά περιβάλλοντα και περιλάμβαναν διείσδυση σε κτίρια, αυτό το παιχνίδι διαδραματίζεται σε μια ανελέητη ζούγκλα. Εκτός από το να κρύβονται στις σκιές, οι παίκτες μπορούν να χρησιμοποιήσουν στολές και βαφή προσώπου ως καμουφλάζ για να εναρμονιστούν με το περιβάλλον τους. Αυτό το σύστημα παιχνιδιού επεκτάθηκε στο Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots. Μια έκδοση που καυχιόταν για την απόλυτη εμπειρία επιβίωσης με την ονομασία Subsistence κυκλοφόρησε αργότερα. Αυτός ο τίτλος ήταν το πέμπτο παιχνίδι που κυκλοφόρησε στην επίσημη ιστορία της σειράς Metal Gear.

Ο Solid Snake, ένας νεοσύλλεκτος της μονάδας ειδικών δυνάμεων FOXHOUND, στέλνεται στην πρώτη του αποστολή μετά από εντολή του διοικητή του, Big Boss. Οι εντολές του είναι να διεισδύσει στο εχθρικό έθνος του OUTER HEAVEN, όπου αναπτύσσεται ένα δίποδο άρμα ικανό να εκτοξεύει πυρηνικούς πυραύλους από οπουδήποτε στον κόσμο. Η ιστορία καλύπτει αυτό που αργότερα θα αναφερόταν ως Εξέγερση του Outer Heaven. Το stealth-action gameplay του παιχνιδιού που έβλεπε τους παίκτες να διεισδύουν σε εχθρικά εδάφη χωρίς να γίνονται αντιληπτοί και το hardboiled σκηνικό του, του χάρισαν την αναγνώριση των κριτικών σε όλο τον κόσμο. Το παιχνίδι αναγνωρίστηκε στα παγκόσμια ρεκόρ Γκίνες ως το πρώτο παιχνίδι για κονσόλα που χρησιμοποίησε το stealth ως βασικό μέρος του gameplay του. Αυτός ο πρωτοποριακός τίτλος ήταν το πρώτο παιχνίδι που κυκλοφόρησε στην επίσημη ιστορία της σειράς Metal Gear.

Σε αυτό το παιχνίδι ο Solid Snake, ο οποίος έχει εγκαταλείψει τη μονάδα ειδικών δυνάμεων FOXHOUND, θέλει να ξεκαθαρίσει το λογαριασμό με τη νέμεσή του, το Big Boss. Η ιστορία καλύπτει αυτό που αργότερα θα γινόταν γνωστό ως Zanzibar Land Disturbance, απογειώνοντας το δράμα της σειράς, καθώς απεικονίζει τον λόγο για τις ενέργειες του Big Boss και το πώς οι στρατιώτες είχαν χάσει την αίσθηση του σκοπού τους. Ενώ το προηγούμενο παιχνίδι επικεντρώθηκε κυρίως στο να μην εντοπίζεται από τον εχθρό, αυτή η νέα προσθήκη στη σειρά εισήγαγε την έννοια του ήχου, όπου οι εχθρικοί στρατιώτες μπορούσαν να ακούσουν τα βήματα του Snake και οι παίκτες μπορούσαν να χτυπήσουν τους τοίχους για να τραβήξουν την προσοχή του εχθρού, επιτρέποντας ακόμα πιο συναρπαστικό gameplay stealth δράσης. Αυτός ο τίτλος ήταν το δεύτερο παιχνίδι που κυκλοφόρησε στην επίσημη ιστορία της σειράς Metal Gear.